民营企业在自主创新上虽然取得了巨大成绩，但相对于其在国民经济中的地位与作用而言，相对其自身潜力而言，还存在很大差距。据国家知识产权局统计，中国国内拥有自主知识产权核心技术的企业仅为万分之三。    全国政协副主席、全国工商联主席黄孟复说，从调研情况看，制约民营企业自主创新主要表现在：

    自主创新意识普遍较弱，多数企业无意创新。中国大多数民营企业属小型、微型企业，大中型企业比例很低，维持生存是企业的第一要义。国家知识产权局统计，私营企业申请的专利中发明专利只占１３％；而发明专利中，多数又是近几年才申请的。

    人才、技术、资金条件普遍不足，多数企业无力创新。人才、技术和资金是技术创新的基础，近年来虽然越来越多的民营企业树立了自主创新意识，但大都苦于人才、技术、资金等条件的严重缺乏，没有能力进行创新。    融资难、税赋重、国家直接支持少，多数企业难以创新。融资难仍然是以民营企业为主的中小企业发展中的最主要问题。中国现行税制也在相当程度上限制民营企业自主创新，外资税率明显低于内资。对民营企业自主创新的政府直接支持也很少。

    知识产权保护力度不够，市场风险大，多数企业不敢创新。近年来，中国知识产权纠纷案数量呈加速上升趋势。目前因仿冒问题带来的技术创新市场风险在某些方面甚至比过去更大，严重阻碍了企业自主创新的动力。    受现实利益诱惑，经营追求“短平快”，多数企业不愿创新。民营企业最讲究“机会成本”和“利润最大化”，绝大多数民营企业、包括相当部分民营科技企业，不愿意在技术创新上花精力、投金钱。